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腐植酸广泛存于土壤、湖泊、河流、海洋以及泥炭、褐煤、风化煤中。它主要分为土壤腐植酸、水体腐植酸和煤炭腐植酸三大类。作为肥料应用的腐植酸主要是煤炭腐植酸，它包括硝基腐植酸、黄腐酸、腐植酸盐等初级产品，腐植酸大分子的基本结构是芳环和脂环，环上连有羧基、羟基、羰基、醌基、甲氧基等官能团。与金属离子有交换、吸附、络合、螯合等作用；在分散体系中作为聚电解质、有凝聚、胶溶、分散等作用。腐植酸分子上还有一定数量的自由基，具有生理活性。
肥料中添加腐植酸，可改变土壤中含盐过高、碱性过强、土粒高度分散、土壤结构性差的理化性状，促进土壤团聚体的形成，使其成良好状态，从而为植物根系生长发育创造良好的条件。同时，腐植酸可疏松耕层土壤，破坏盐份的积累，降低表土含盐量，起到隔盐作用，提高出苗率，减少弱苗、死苗，使植物健康成长。腐植酸能促进土壤微生物的活动，增加土壤微生物的数量，增强土壤酶的活性等事实，已被国内外大量研究资料所证实。学界一致认为，施用腐植酸使好气性细菌、放线菌、纤维分解菌的数量增加较多，对加速有机物的矿化，促进营养元素的释放有利。因此，施用腐植酸，可以防治果树的烂根病、黄叶、小叶、枯萎病。
同时，腐植酸对作物的根系发育也有着特殊的促进作用，许多农科人员称腐植酸为“根系肥料”，对根系的影响主要表现在，刺激根端分生组织细胞的分裂与增长，使幼苗发根快，次生根增多，根量增加，根系伸长，最终导致作物吸收水份和养份的能力大大增强。腐植酸进入植物体内后，对植物起到刺激作用，主要表现在，呼吸强度的增加，光合作用的增加，各种酶的活动增强，从而使果实提前着色成熟，取得高产、高值。
